例えば、

1.txt
2.txt
3.txt
**略**
10.txt
11.txt
12.txt
**略**
100.txt

のようなファイル名群を、

001.txt
002.txt
003.txt
**略**
010.txt
011.txt
012.txt
**略**
100.txt

にしたい時、それらのファイルがあるフォルダで以下のコマンドを実行する。

Get-ChildItem | Rename-Item -NewName {$n='00'+$_.name; $n.SubString($n.Length-7,7)}

$n='00'+$_.nameの'00'部分で必要な桁数になる様に0を並べ、$n.SubString($n.Length-7,7)部分で右から必要な文字数を切り出す。ここではファイル名3文字と拡張子.txtの4文字が必要なので7文字分切り出している。